از جمله محورهاى اساسى فعاليتهاى فرهنگى امام صادق (عليه السلام) مبارزه با افكار الحادى و انديشه هاى ماديگرى بود كه در دوران امامت آن حضرت به سرعت در حال گسترش بود. فعاليتهاى امام (عليه السلام) در اين زمينه شكلهاى مختلف داشت، از قبيل: بيانات و رهنمودهاى كلى در زمينه مسائل مربوط به توحيد، مباحثات و مناظرات رسمى ميان آن حضرت و سران مادي گرايان مثل ابن ابى العوجاء، ابن مقفع، زنديق مصرى بهنام عبدالملك و... ونيز بين اصحاب آن حضرت با اين افراد، و ارشادها و رهنمودهاى موردى آن حضرت در برخورد با افراد مختلف ديده مى شود. امام (عليه السلام) در تمام اين برخوردها و مناظرات، با بيانى روشن و منطقى استوار، مبانى اعتقادى اسلام را تبيين و تشريح و ادعاى خصم را ابطال و او را در برابر حق وادار به اقرار و اعتراف مى كرد. در اينجا به نمونه اى از اين مناظرات اشاره مى كنيم: «عصر امام صادق (عليه السلام) بود، شخصى بهنام جعد بندرهم به بدعت گذارى و مخالفت با اسلام پرداخت و داراى جمعى طرفدار شد و سرانجام در روز عيد قربان اعدام گرديد. او روزى مقدارى خاك و آب در ميان شيشهاى ريخت و پساز چند روز حشرات و كرمهايى در ميان آن شيشه توليد شدند. او در ميان مردم آمد و چنين ادعا كرد: «اين حشرات و كرمها را من آفريدم، زيرا من سبب پيدايش آنها شدم، بنابراين آفريدگار و خداى آنها من هستم.» گروهى از مسلمانان اين موضوع را به امام صادق (عليه السلام) خبر دادند، آن حضرت فرمود: «به او بگوييد تعداد آن حشرات چقدر است؟ تعداد نر و ماده آنها چقدر است؟ وزن آنها چه مقدار است؟ و از او بخواهيد كه آنها را به شكل ديگرى تغيير دهد زيرا كسى كه خالق آنها است توانايى براى تغيير شكل آنها را نيز خواهد داشت.» آن گروه با طرح همين پرسشها با آن شخص، مناظره كردند. او از پاسخ به آن پرسشها فرومـاند، و به ايـن ترتيب نقـشه اش نقش بـر آب گرديد و ترفند و حيله اش فرو پاشيـد.
در كتاب زندگى و سيماى امام جعفر صادق (عليه السلام) از علامه سيد محمدتقى مدرسى درباره اين مكاتب و افكار آمده است: «در اينجا، مناسبت دارد كه اجمالاً به موجى الحادى كه در دوران زندگى امام صادق (عليه السلام) بر جامعه اسلامى يورش آورده بود، اشارهاى كنيم. اين موج با حوزهى علمى امام صادق (عليه السلام) نيز برخورد كرد اما آن را سدى استوار و خلل ناپذير يافت كه از عهده پاسخگويى به آن موج برآمد و آن را از حركت باز داشت، و به غبارى تبديل كرد. از آنجا كه ما مىكوشيم زندگى امام بزرگ خود را خلاصه وار بررسى كنيم و خطوط ويژه حوزهى علمى آن حضرت را مشخص سازيم بايد مرورى گذرا نيز به اين موج فراگير داشته باشيم. پيش از اين گفتيم كه فتوحات اسلامى موجب برخوردهاى نيرومندى ميان مسلمانان و نومسلمانان شد.
از آنجا كه بيشتر مسلمانان درك و بينشى شايسته و استوار از اسلام نداشتند، اين برخوردها به نتيجهاى نامطلوب و منفى انجاميد، چرا كه مسلمانان را به دو گروه تقسيم كرد، گروه اول، محافظه كاران و قشرى گرايانى بودند كه تنها جنبه ظاهرى دين را گرفته و از فهم جوهر و حقيقت و كنه آن بازمانده بودند. اينان عقل و خرد خود و همراهى با آن معيارها را گم كرده بودند. گروه خوارج از پيشتازان اين گرايش بود، چنان كه اشاعره نيز اين گونه بودند. البته باملاحظاتى در طوايف آنها از نظر اختلاف در كميت و كيفيت. گروه دوم، تندروهايى بودند كه شديداً از وضع موجود در جامعه تأثير پذيرفته بودند. اينان معيارها را به كنارى افكنده و تنها به آنچه عقلهاى كوته آنها بر حسب اختلاف گرايشها و دگرگونى شرايط، به آنان الهام مى كرد، اكتفا كرده بودند و پيشا پيش اين گروه، ملحدان و پس از آنها با فاصله بسيار معتزله و ديگر فرقه هايى كه بديشان نزديك بودند، جاى داشتند. بنا به طبيعت وضع اجتماعى موجود در آن روزگار كه مرتد بد حالتر از كافر اصيل قلمداد مى شد آنان مجبور به استتار بودند. اگر چه مرتدان در همان هنگام جزء اقليت به شمار مىآمدند. اما انديشههايشان را از آبشخور فلسفه يونان سيراب مىكردند.
عربها تا آن روزگار، با انديشه هاى يونانى هيچ آشنايى نداشتند. آشنايى آنان هنگامى آغاز شد كه نهضت ترجمه در عصر امام صادق (عليه السلام) و پس از آن صورت پذيرفت. از اين رو تنها شمار اندكى از مسلمانان كه تمام ابعاد فلسفه نظرى اسلام را درك كرده و به وجوه متفاوت ميان آنها و ديگر تئوريها پىبرده بودند مى توانستند با اقامه دليل و برهان اصول فكرى اسلام را اثبات كنند و اصول و تئوري هاى ديگر مكاتب را در هم بكوبند. اين عدهى اندك، با كسانى برخورد مى كردند، كه معلومات آنها بر مجموعه اى از احاديث ابوهريره و جز او محدود بود و اصلاً به تناقضات فراوانى كه در آنها به چشم مى خورد توجه نشان نمى دادند. اينان مى پنداشتند كه بر حق هستند از توانايى كافى براى اثبات ادعاى تو خالى و پوچ خود بر خوردارند. از اين رو مى بينيم كه هر كدام از آنها حزبى راه مى اندازند. مردم را نهانى فرا مى خواندند. بنابراين بر امام (عليه السلام) اثبات شد كه در برابر اين گروه ها به ستيزه برخيزد و اوهام باطل آنها را بشكافند. امام (عليه السلام) براى رسيدن به اين هدف سه طرح خردمندانه ترسيم كرد:
1ـ او قسمتى از حوزهى علمى خود را به كسانى اختصاص داد كه از فلسفه يونان بالاخص و ساير فلسفه ها بالاعم آگاهى داشتند و به خوبى از نظر اسلام درباره آنها و دلايلى كه آن فلسفه ها را نقض مى كرد آگاه بودند. كسانى همچون هشام بن حكم، متكلم پرآوازه، و حمران بن اعين وهشام بن سالم و ديگر مشاهير علم و حكمت و كلام، كه به معيارهاى نظرى اسلامى نيز آگاه بودند در ميان اين گروه جاى داشتند.
2ـ آن حضرت دستور به نوشتن رساله هايى همچون «توحيد مفضل» و «اهليلجه» و... اقدام كردند.
3ـ رويارويى مشخص باسران انديشه هاى الحادى.
در كتاب «در مكتب احياگر تشيع حضرت امام جعفرصادق (عليه السلام) » در اين باره آمده است:
«دشوارى ديگر امام صادق (عليه السلام) درگيرى با مباحث كلامى بود كه از سوى فرقه هائى چون مرجئه، اشعريه، جبريون، طبيعيون، يهود، نصارى و حتى زنادقه و ملحدين واديان ديگر مطرح مىشد. افكار مختلف بود و شگفت اين كه هر يك به نحوى سعى داشتند سخن و دعوى خود را به كرسى بنشانند.
دربعد اسلامى قضيه، تحول و انقلاب عقيدهاى بزرگى در علم كلام راجع به جبر و تفويض پيدا شده بود كه خود دامنه يافته و مباحث وسيع ديگرى را در بعد افكار و اعمال وارد مىكرد. اينان در زمينه مسايل اعتقادى و جنبههاى اصولى بحث مىكردند، مثلا در مورد صفات خدا، يا قضاء وقدر، جبر و اختيار و.... مهم اين بود كه در دامن زدن به اين بحثها گاهى دست سياست را هم در آن داخل مىبينيم و آنها نيز سعى داشتند فكر سخيفى را كه به نفع آنها بود وارد دين كرده و به صورت يك باور در ميان مردم جا بيندازند. مثلاً در مسأله جبر و اختيار، بنىاميه اصرار به توسعه انديشه جبرى داشتند و هدفشان در اين زمينه آن بود كه قدرت و حكومت خود را به اسم خواست خدا و جبر بر مردم تحميل كرده و دهان آنها را در اعتراض و انتقاد به دستگاه زمامدار ببندند و مبتكر اين انديشه شخص معاويه بود. در افكار و آراءو در طرز فكر و عقايد مردم شك و ريب، جدلها، بحثها، پديد آمد كه خود دامن زننده به مناقشات بين مردم و درگيرى فكرى آنان و در نتيجه كينهتوزى و جدايى از يكديگر بود و معاويه دوست داشت از اين طريق موقعيت خود را تثبيت و وحدت جامعه را متزلزل كند و اين خط فكرى توسط همه زمامداران بنى اميه و بعدها بنى عباس اعمال شد. امروز نيز ما همان خط را نزد گروهى عظيم از مسلمانان اهل سنت مى بينيم.
بدين سان مردم در تاريكى زندگى مى كردند، روشنايى و نورى را مى طلبيدند تا راه را برايشان روشن كند و خط فكرى درستى را به آنان نشان دهد. وجود و حضور امام صادق (عليه السلام) و بحثهاى او در اين زمينه، الحق نعمتى براى مردم به حساب مى آمد.
در اينجا به نمونه هايى از اين مناظرات مختصراً اشاره مى كنيم:
«از امام صادق (عليه السلام) در باره قضا و قدر پرسشها شده است از جمله آنكه: جميل بن دراج گويد:از ابوعبدالله (عليه السلام) در بارهى قضا و قدر پرسيدم. فرمود: آفريدههاى خدايند و خدا در آفريدهاش چيزى را كه مىخواهد مىافزايد. و در پاسخ ديگرى كه از قضا و قدر مىپرسد، مى گويد: چون روز رستاخيز آيد و خدا آفريدگان را فراهم نمايد از آنچه بر آنان عهد بسته است، بپرسد و از آنچه قضاى او بر آن رفته نپرسد.
كسى ديگرى مى پرسد: آيا خدا بندگانش را به حال خود واگذارده؟ مىفرمايد: «خدا اجل و اعظم از اين است»! آيا آنان را مجبور ساخته؟ «خدا عادلتر از آنان است كه بندگان را مجبور سازد، سپس عذابشان كند».
آيا ميان اين دو منزل هاى است؟
«آرى به وسعت ميان آسمان و زمين. آنكه مى پندارد خدا به بدى و فحشاء امر مىكند بر خدا دروغ بسته است، و آنكه مى گويد، خير و شر به مشيت خدا نيست، خدا را قادر ندانسته و آنكه مى پندارد نافرمانى با قدرتى جز قدت خدا سرزده بر خدا دروغ بسته است.»

نوشتن دیدگاه