در سوم رجب سال ۲۵۴ هـ .ق. شـهادت امــام علیالنقی (علیه السلام) در ۴۱ سالگی روی داد. دوران زندگی امام هادی(علیه السلام) مصـادف بود با خلافت شش تن از خلفای عباسی به نامهای معتصم، واثق، متوکل، منتصر، مستعین، معتز امام هادی(علیه السلام) سیزده سال در مدینه اقامت فرمودند و بقیه ایام عمر شریفشان را به اجبار متوکل در سامرا بودند؛ زیرا حاکم مدینه به متوکل نوشت که: «اگر تو را به مکه و مدینه حاجت است، علی بن محمد را از این دیار بیرون ببر که همگان را مطیع خود ساخته است»؛ از این رو آن خبیث امام را به سامرا برد و از او شدیداً مراقبت کرد. امام هادی(علیه السلام) بیست سال و نه ماه در این شهر اقامت گزیدند. هنگامی که معتز بر مسند خلاقت تکیه زد متوجه موقعیت ویژه و محبوبیت خاص ایشان در بین مردم شد؛ از این رو یازدهمین پیشوای شیعیان را مسموم کرد و به شهادت رساند. امام حسن عسکری (علیه السلام) بر پیکر مطهر پدر بزرگوارشان نماز خواندند و پس از آن که تشییع نمایانی از جنازه امام شد، بدن پاک آن حضرت را در خانه ایشان در سامرا به خاک سپردند.
